วัดก่อตั้งเมื่อ พ.ศ. 2452 ในระยะแรกนี้เสนาสนะสงฆ์ที่ถาวรยังไม่มีปรากฏอยู่เลย ต่อมาวัดคลองสวนได้รับอนุญาตให้สร้างเมื่อวันที่ 2 พฤษภาคม พ.ศ. 2482 โดยมีนายปลั่งและนางมอ อินทสังข์ เป็นผู้ถวายที่ดินและดำเนินการสร้างวัด ต่อมานายแฉล้ม อินทสังข์ ได้ถวายที่ดินเพิ่มเติม คือส่วนที่สร้างโรงเรียนวัดคลองสวน เหตุที่ย้ายวัดเพราะประชาชนได้อพยพมาทำมาหากินอยู่ที่ใหม่ จึงได้ตกลงสร้างวัดขึ้นมาใหม่ และเนื่องจากวัดตั้งอยู่ปลายคลองสวนบางมด จึงได้มีนามว่า "วัดคลองสวน" ส่วนวัดเก่าประชาชนเหลือน้อยจึงทิ้งไว้กลายเป็นวัดร้าง[1] วัดได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมาเมื่อวันที่ 15 พฤศจิกายน พ.ศ. 2519[2] ที่ดินวัดเก่าได้กลายมาเป็นที่ธรณีสงฆ์ของวัดคลองสวน[3]